Morales fue recibido en Argentina bajo la condición de refugiado en 2019, cuando el gobierno de Alberto Fernández no reconoció la gestión de Jeanine Áñez en Bolivia, junto a ex funcionarios de su gobierno, entre ellos el exvicepresidente Álvaro García Linera, la exministra Gabriela Montaño y el exembajador ante la OEA.
La renuncia de Morales a la presidencia de Bolivia ocurrió en medio de una crisis política tras las elecciones del 20 de octubre de 2019, que estuvieron marcadas por acusaciones de fraude y enfrentamientos en el país.
El 12 de diciembre de 2019, pocos días después de que asumiera el nuevo gobierno en Argentina, Morales y los funcionarios que lo acompañaban recibieron asilo político. Una semana más tarde, completó los trámites para obtener el estatus de refugiado, después de haber pasado por México y Cuba antes de llegar a Argentina.
En 2021, agradeció al entonces presidente argentino, Alberto Fernández, por la asistencia recibida en noviembre de 2019, afirmando que le habían salvado la vida.