El militar retirado de 80 años fue procesado por delitos de lesa humanidad durante la dictadura cívico-militar.
Estuvo acusado por delitos de privación de libertad y fue detenido en 2015 cuando fue a votar y procesado ese mismo año. Sin embargo, en diciembre de 2016 el juez Daniel Rafecas lo declaró incapaz de defenderse debido a su estado de salud.
Ernesto Guillermo Villarruel fue el hermano de Eduardo Marcelo Villarruel, padre de la vice. Él también fue militar, exteniente coronel de las FFAA que participó del Operativo Independencia, que desde 1975 hasta 1979 buscó “neutralizar y/o aniquilar elementos subversivos” en Tucumán, por el que hay centenares de personas asesinadas y desaparecidas. Luego estuvo en Campo de Mayo. Asimismo, fue segundo jefe de la Compañía de Comandos 602 durante la Guerra de Malvinas, detrás de Aldo Rico. En 1987 participó en las sublevaciones Carapintadas y fue arrestado por negarse a prestar juramento a la Constitución Nacional.